Theo khoản 2 điều 21 của Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn về kê khai thuế TNDN thì cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:
a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế. Người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại tỉnh khác nơi có trụ sở chính có thu nhập được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp phải xác định riêng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp cho hoạt động được hưởng ưu đãi với cơ quan thuế quản lý nơi có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh;
b) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập (trừ đơn vị trực thuộc là đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp) thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinh tại đơn vị trực thuộc cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị trực thuộc;
c) Trường hợp người nộp thuế hạch toán tập trung có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại tỉnh khác nơi có trụ sở chính thì thực hiện khai thuế, tính thuế và nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp và phân bổ số thuế phải nộp cho từng tỉnh nơi có hoạt động kinh doanh theo quy định tại khoản 4 Điều này. Trường hợp người nộp thuế là doanh nghiệp siêu nhỏ theo quy định của pháp luật về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa thì không phải phân bổ số thuế phải nộp;
d) Cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế nơi có bất động sản chuyển nhượng đối với các hoạt động sau:
d.1) Hoạt động chuyển nhượng bất động sản khác tỉnh với trụ sở chính của người nộp thuế áp dụng theo phương pháp tỷ lệ trên doanh thu theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp;
d.2) Hoạt động bán, bán đấu giá bất động sản là tài sản bảo đảm thi hành án, tài sản bảo đảm để xử lý nợ của cơ quan thi hành án, tổ chức có thẩm quyền bán đấu giá, tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, tổ chức mà Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ do Chính phủ thành lập có chức năng mua, bán, xử lý nợ;
d.3) Hoạt động bán toàn bộ Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do tổ chức làm chủ sở hữu dưới hình thức chuyển nhượng vốn có gắn với bất động sản của người nộp thuế áp dụng theo phương pháp tỷ lệ trên doanh thu theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.
đ) Đối với hoạt động bán, bán đấu giá tài sản khác là tài sản bảo đảm thi hành án, tài sản bảo đảm để xử lý nợ của cơ quan thi hành án, tổ chức có thẩm quyền bán đấu giá, tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, tổ chức mà Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ do Chính phủ thành lập có chức năng mua, bán, xử lý nợ thì cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ quan, tổ chức bán tài sản bảo đảm;
e) Đối với hoạt động chuyển nhượng vốn của doanh nghiệp nước ngoài, cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp tổ chức Việt Nam nơi doanh nghiệp nước ngoài đầu tư vốn. Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai thuế đối với hoạt động này được xác định theo quy định của pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp;
g) Đối với hoạt động chia lợi tức cho tổ chức đầu tư của Quỹ đầu tư chứng khoán, cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp Công ty quản lý quỹ đầu tư chứng khoán;
h) Đối với các tập đoàn kinh tế, các tổng công ty có đơn vị thành viên nếu đã hạch toán được doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế thì đơn vị thành viên phải kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị thành viên;
i) Trường hợp đơn vị thành viên có hoạt động kinh doanh khác với hoạt động kinh doanh chung của tập đoàn, tổng công ty và hạch toán riêng được thu nhập từ hoạt động kinh doanh khác đó thì đơn vị thành viên khai thuế thu nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị thành viên.