Theo khoản 2 điều 19 của Thông tư 89/2026/TT-BTC thì nơi nộp tờ khai báo cáo thuế GTGT được thực hiện như sau:
1. Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp; người nộp thuế thuộc trường hợp phân bổ theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP thì thực hiện khai thuế giá trị gia tăng tập trung tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý khoản thu nơi phát sinh hoạt động kinh doanh và phân bổ nghĩa vụ thuế phải nộp cho từng địa bàn nơi được hưởng nguồn thu ngân sách nhà nước theo quy định tại khoản 3 Điều này, trừ trường hợp quy định tại điểm b khoản này;
2. Người nộp thuế có hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại địa bàn tỉnh khác nơi đóng trụ sở chính thực hiện khai riêng thuế giá trị gia tăng của hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý khoản thu nơi phát sinh hoạt động kinh doanh như sau:
2.1) Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản của dự án đầu tư cơ sở hạ tầng, nhà để chuyển nhượng (bao gồm cả trường hợp có thu tiền ứng trước của khách hàng theo tiến độ) tại cơ quan thuế nơi có hoạt động chuyển nhượng bất động sản;
2.2) Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động của nhà máy sản xuất điện tại cơ quan thuế nơi có nhà máy sản xuất điện;
2.3) Đơn vị phụ thuộc có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào;
2.4) Người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định pháp luật về thuế giá trị gia tăng và có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư thì khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý có dự án đầu tư thì nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư cho Thuế tỉnh nơi có dự án đầu tư.
Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh khác với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính, có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.
Trường hợp dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Đối với dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí ở ngoài khơi nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam theo Hợp đồng dầu khí, người điều hành của hợp đồng dầu khí nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
3. Trường hợp người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh đóng trụ sở ở địa bàn tỉnh cùng với nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp; trường hợp đơn vị phụ thuộc có con dấu, có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào và có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng thì đơn vị phụ thuộc khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị phụ thuộc;
4. Cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:
4.1) Đối với tài sản bảo đảm là bất động sản: cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế nơi có bất động sản chuyển nhượng;
4.2) Đối với tài sản bảo đảm là tài sản khác: cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ quan, tổ chức bán tài sản bảo đảm.